František Schmalfus se narodil 4. 5. 1730 v Rabštejně v Čechách, zemřel 28. 10. 1811 v Bielé. V necelých patnácti letech vstoupil do kláštera augustiniánů v Ročově, kde ke jménu přijal řádové Kosmas. Sliby složil 12. června 1746 v řádovém domě ve Svaté Dobrotivé. V březnu 1753 pak byl vysvěcen na kněze.
Od roku 1754 učil v klášteře Skoky u Žlutic, odkud byl roku 1757 povolán přednášet filosofii a o dva roky později jmenován Marií Terezií examinátorem filosofie na pražské universitě. Zde mu jezuité jeho výuku znepříjemňovali, jak mohli. Postupně se oprostil od aristotelské filosofie a přednášel vlastní, kterou nazval „církevní“ (spolupracoval v tomto směru s Ch. J. Wolffem). Roku 1755 vydal Institutiones philosophiae eclecticae, pokus o křesťanskou filosofii na základě moderní filosofie. V roce 1760 byl zvolen definitorem, o rok později rektorem a v roce 1763 ředitelem domácích studií (Hausstudien). K tomu byl ještě jmenován arcibiskupským synodálním examinátorem (1764).
V roce 1766 jej povolal generál řádu František Xaver Vásquez do Říma jako asistenta německých řádových provincií (jeho nástupcem na katedře teologie se stal augustinián A. Robeck). Během tříletého pobytu v Římě zkatalogizoval tamější augustiniánskou knihovnu, kterou významně rozmnožil ziskem knihovny kardinála Dominica Passioneiho, nakloněného jansenistům, mimochodem také člena olomoucké Societas incognitorum (+1761). Seznámil se zde také s franckým řádovým bratrem Jordanem Simonem, kterému zprostředkoval útočiště v Čechách.
Po návratu prováděl jako generální komisař visitace klášterů české provincie. Byl opět povolán jako asistent do Říma a v roce 1777 na čtyři roky zvolen provinciálem, současně profesorem a roku 1779 jmenován děkanem teologické fakulty pražské university. Roku 1785 se stal po smrti rektora Rautenstraucha prorektorem a nakonec rektorem. Během pražského pobytu uspořádal knihovnu tamějších augustiniánů. V letech 1795 a 1801 byl opakovaně (podruhé a potřetí) zvolen provinciálem.
Mezi jeho hlavní díla patří církevní dějiny Historia religionis et ecclesiae christianae, vydané v 6 svazcích v Praze v letech 1792/93, na které vydali exjezuité ostrou negativní recensi, že prý kniha není vědecky přínosná. Kromě toho napsal (Dissertatio) Tractatus de auxilia divinae gratiae ad mentem S. P. Augustini, 1763; Commentarius in cap. 10–12 libri S. Augustini de correptione et gratia, adjecta apologia pro Mag. J. L. Berti (věnovanou jeho slavnému italskému řádovému bratru, 1765), a také Tractatus Theologicus de Sacramentis (...). V posledních dvou svazcích svých církevních dějin podává Schmalfus poznatky, získané studiem Passionieho knihovny. Došel k závěru, že odsouzení pěti Janseniových vět v roce 1653 a také pozdější odsouzení Quesnela neznamená nic jiného, než pokus jesuitů vnutit svoji doktrínu celé církvi. Tvrdí, že zástupci augustiniánů i dominikánů dokazují, že lze Janseniovy myšlenky vyložit také pravověrně, a zmiňuje, že tento názor zastávali také františkán Wadding a dokonce jesuita Pallavicini. Ostře se také – podobně jako 150 let před ním Valerián Magni – vyslovil proti scholastice, na níž jesuité tolik lpěli: „To překračuje meze mé chápavosti, a také mnohých jiných, jakým právem muži jinak bystrého úsudku, zanedbavše královskou cestu Svatého Písma a tradice, mohli učinit pohanskou filosofii měřítkem teoretického a praktického učení Kristova.“
O víře a vztahu k církvi vypovídají nejlépe Schmalfusova slova, která pronesl v roce 1796 při příležitosti padesátého výročí složení řádových slibů: „A tak obnovuji svůj slib, který pronesly mé rty před padesáti lety, chci podle toho přinést Bohu slavnostní oběť, oběť chvály, aby se zvěstovala jeho vláda nad každým tvorem a naše závislost a podřízení se Jemu; oběť díků za veškerá dobrodiní, která udělil celému světu, mé vlasti, mně i mým bratřím, oběť smíru za moje i mých bratří viny, a oběť prosebnou za dosažení milosti a dobrodiní, abychom se odvrátili od hříchu, zachovali věrně svůj slib a aby mně Bůh uštědřil milosrdně ony síly a nadání, s nimiž bych byl s to, dovést sebe i své spolubratry k nebeské vlasti.“ To dostatečně vypovídá o smýšlení toho nadšeného josefinisty.